Στα ιατρικά λάθη, το δικαστήριο είναι διαφορετικό στην περίπτωση που αντίδικος είναι Ιδιώτης, άτομο ή εταιρεία (απευθυνόμαστε στα Αστικά δικαστήρια) και στην περίπτωση που είναι το Δημόσιο, δηλαδή τα δημόσια θεραπευτικά ιδρύματα (απευθυνόμαστε στα Διοικητικά δικαστήρια).

Στα Αστικά δικαστήρια, το 2016 ξεκίνησε να εφαρμόζεται η παρακάτω νέα διαδικασία εκδίκασης απαιτήσεων για αποζημίωση ιατρικού λάθους.

Πρωτοβάθμιο επίπεδο: Πρωτοδικείο.
Κατατίθεται η αγωγή και μέσα σε 100 ημέρες πρέπει να κατατεθούν οι προτάσεις και οι απόψεις και των δυο μερών: αυτών που υποστηρίζουν την απαίτηση, καθώς και των εναγόμενων. Μετά, μέσα σε δυο βδομάδες, θα πρέπει να υπάρξει η έγγραφη αντίκρουση και από τις δυο μεριές.
Με τα υλικά αυτά σχηματίζεται η δικογραφία και ακολουθεί ο προσδιορισμός της δικασίμου στο μέλλον. Ο στόχος στο νέο σύστημα ήταν να οριστεί αυτή η δικάσιμος μέσα σε 7 έως 12 μήνες.
Σύμφωνα με τα σημερινά δεδομένα, ιδιαίτερα στα πολυμελή δικαστήρια (όπου δικάζεται η πλειονότητα των σημαντικών απαιτήσεων της ιατρικής αμελείας) η δικάσιμος ορίζεται κοντά στους 15-24 μήνες.
Στα μονομελή δικαστήρια η διαδικασία είναι κάπως γρηγορότερη.
Αναβολή συμβαίνει σχετικά σπανία.
Μετά την δικάσιμο, το δικαστήριο εκδίδει την απόφαση κατά κανόνα μέσα σε 7 έως 8 μήνες.
Έτσι, πρωτοβάθμια, ο συνολικός χρόνος εκδίκασης αγωγής ιατρικής αμέλειας προσεγγίζει τα 3 χρόνια.

Δεύτερος βαθμός: Εφετείο
Λόγω των υψηλών αποζημιώσεων για ιατρικά ατυχήματα, υπάρχει συνήθως προσφυγή και στο Εφετείο. Η διαδικασία διαρκεί, με τον προσδιορισμό της εκδίκασης της έφεσης και την έκδοση απόφασης, περίπου 2 χρόνια.

Τριτοβάθμιο επίπεδο: Άρειος Πάγος
Ανάλογα με τον βαθμό απόκλισης από την πρωτόδικη απόφαση και την θεμελίωση της τεκμηρίωσης από το Εφετείο, εξαρτάται και η επιλογή άσκησης αναίρεσης στον Άρειο Πάγο.

Στα Διοικητικά δικαστήρια η διαδικασία διαφέρει.
Πρώτα κατατίθεται η αγωγή για αποζημίωση για ιατρικά λάθη και μετά από 3 έως 4 χρόνια ορίζεται/ ανακοινώνεται η δικάσιμος. Η δικάσιμος αυτή είναι για μετά από 2 χρόνια από τον προσδιορισμό της (υπάρχει διαφοροποίηση στα δικαστήρια της Αθήνας, όπου ο φόρτος υποθέσεων είναι πιο μεγάλος και στα επαρχιακά δικαστήρια που είναι συντομότερος κατά 1-2 χρόνια).
Υπάρχει και η περίπτωση αναβολής η οποία όμως είναι στο μέγιστο 4 έως 6 μήνες.
Έτσι, στις απαιτήσεις από το Δημόσιο η πρωτόδικη απόφαση εκδίδεται μετά από 5 έως 7 χρόνια.
Το Δημόσιο κατά κανόνα προχωράει στην διαδικασία του Εφετείου και του Συμβούλιου της Επικρατείας.
Εκεί οι χρόνοι είναι γρηγορότεροι αλλά μπορεί να διαρκέσουν, αθροιστικά και στα δύο επίπεδα, μέχρι και 7 χρόνια.

Όλα τα ανωτέρω χρονικά διαστήματα είναι εκτιμήσεις και δεν αποτελούν σε καμία περίπτωση κάποιες θεσμοθετημένες ημερομηνίες.

Πρέπει εδώ να διευκρινιστεί ότι ο μακρύς χρόνος εκδίκασης υποθέσεως ιατρικού λάθους αντισταθμίζεται με την καταβολή τόκων. Οι τόκοι υπολογίζονται με ένα αρκετά υψηλό επιτόκιο (5,25% για τον δικαιοπρακτικό τόκο και 7,25% για τον τόκο υπερημερίας) για το ποσό που το τελικό δικαστήριο ορίζει, όμως από την ημέρα επίδοσης της αγωγής, πράγμα που σημαίνει ότι μπορεί οι τόκοι να προσεγγίσουν πολύ υψηλά ποσά.